Unidad de secuenciación
La incorporación de nuevas técnicas de alto rendimiento, como la secuenciación masiva (Next generation sequencing, NGS) ha supuesto un avance, sin precedentes, para identificar en una misma reacción variantes moleculares de diferente naturaleza que proporcionan información biológica valiosa. En investigación traslacional en cáncer, la utilización de este tipo de metodología favorece la aplicación de enfoques dirigidos a descifrar e integrar los mecanismos moleculares reguladores, fundamentales para poder avanzar en el conocimiento de las lesiones tumorales y su comportamiento.
El Área de Secuenciación ubicada en el Laboratorio de Biología Molecular del Cáncer, dispone de profesionales especialistas, así como de la infraestructura básica y específica requerida para la realización de estudios de secuenciación masiva.
Este área está dotada con:
- MiSeq de Illumina®, cedido tras convenio con AIOM (Asociación para la Investigación Oncológica en Málaga) y el Ayuntamiento de Málaga, con la finalidad de realizar estudios de secuenciación dirigida con paneles, exomas, genomas etc…
- Ion GeneStudio S5 Prime, Ion Chef y Oncomine reporter (Ion Torrent de Thermofisher Scientific), es un sistema integrado, que facilita un flujo de trabajo automatizado desde la preparación de la muestra hasta su secuenciación y la interpretación de los resultados obtenidos.
Actualmente, este equipamiento posibilita las siguientes aplicaciones:- Oncomine Comprenhensive Assay V3: Secuenciación dirigida con un panel de 161 genes para identificar variantes genéticas (SNV, Indels, CNAs y genes de fusión) accionables y/o de pronóstico en cáncer. Lista de genes
- Oncomine Childhood Research Assay: Secuenciación dirigida con un panel de 203 genes para identificar variantes genéticas (SNV, Indels, CNAs y genes de fusión) accionables o de pronóstico en tumores de edad pediátrica y adolescentes. Lista de genes
- Oncomine Cell Free Assay for Liquid Biopsy: Secuenciación con paneles específicos pulmón, mama, colon o pan-cancer en muestras de biopsia líquida.
- Secuenciación con paneles personalizados con tecnología Ion Ampliseq HD.